Nella pratica, le ambiguità nell'interpretazione della direttiva 96/61/CE (ad esempio relativamente ai valori limite, ai confini dell'impianto, al fatto che le modifiche siano sostanziali o meno, al soddisfacente ripristino del sito, all'efficienza energetica) sono già ora fonte di incertezze nell'applicazione della direttiva.
Lack of clarity in the interpretation of Directive 96/61/EC (inter alia with regard to threshold values, installations boundaries, whether changes are substantial or not, satisfactory state of an industrial site, and energy efficiency) has already led to serious uncertainties in the implementation of the Directive.