Nell'esercizio delle sue funzioni, il Consiglio congiunto è assistito da una commissione mista composta da rappresentanti del Consiglio dell'Unione europea e della Commissione europea, da una parte, e del Cile, dall'altra, nonché da una sottocommissione commerciale mista incaricata di garantire il conseguimento degli obiettivi commerciali previsti all'articolo 5 e di preparare la liberalizzazione progressiva e reciproca degli scambi.
De Gezamenlijke Raad wordt in de vervulling van zijn taken bijgestaan door een Gemengde Commissie, die bestaat uit vertegenwoordigers van de Raad van de Europese Unie en van de Europese Commissie enerzijds en vertegenwoordigers van Chili anderzijds alsmede door een Gemengde Subcommissie voor Handelszaken die voor de verwezenlijking van de commerciële oogmerken moet zorgen en de werkzaamheden voor de geleidelijke en wederkerige handelsliberalisering moet voorbereiden.