La mancanza di esperienza ha fatto sì che si siano commessi molti errori, e per questo motivo a Natura 2000 nel senso più ampio del termine si è spesso associata una pessima reputazione, ma, nelle regioni e nei paesi dove il programma è stato attuato in modo adeguato, non solo dialogando con i proprietari terrieri per elaborare i progetti di gestione, ma anche con un adeguato ventaglio di offerte di pagamenti diretti, il sistema si è rivelato efficace.
Lack of experience has meant that many mistakes have been made, and Natura 2000 in the broadest sense of the term has for that reason often got a bad name for itself, but, in those regions and countries in which it has been implemented well, not only with dialogue with landowners in devising the management plans but also with an appropriate range of direct payments on offer, the system has been effective.