La gestione di ISPA, come il Parlamento ha già avuto modo di osservare nella sua risoluzione sui fondi strutturali, il fondo di coesione e ISPA (A5-202/2002), e secondo ciò che la Corte dei Conti ha rilevato nella Relazione annuale per il 2000, ha incontrato non poche difficoltà al momento della sua attuazione concreta, a partire dall'anno di programmazione 2000.
As Parliament has already commented in its resolution on the Structural Funds, the Cohesion Fund and the ISPA (A5-202/2002), and as the Court of Auditors states in its Annual Report for the year 2000, actual implementation of the ISPA with effect from the 2000 programming year was fraught with difficulty, although this may be partly accounted for by the innovative nature of the programme and the need for projects to be drawn up in accordance with Community rules in countries which are not EU members and in which such rules do not apply and are often simply not known about.